Trudne jest też czasami ustalenie rozpo­znania w okresie przewlekłym, czyli chronicznym, choroby i wtedy konieczne jest kilkakrotne powtarzanie badania. Przed rozpoczęciem leczenia konieczne jest ustalenie przez lekarza dokładnego rozpoznania. Tak więc bezwzględnie nie należy na własną rękę zażywać leków, takich np. jakie pomogły komuś z otoczenia W podobnych dolegliwościach, a zwłaszcza sulfonamidów (sulfatiazol, madroxin) i antybiotyków. Mogą one maskować, czyli zacierać, obja­wy i nie prowadząc do całkowitego wyleczenia, bardzo utrudniać usta­lenie właściwego rozpoznania.

Podstawowym lekiem stosowanym w leczeniu rzeżączki, po ustale­niu rozpoznania — a więc po badaniu mikroskopowym, a czasami do­piero po wykonaniu tzw. posiewów bakteryjnych, jest p enicyli na. Leczenie nie jest zbyt długie ani uciążliwe. Dawkę leku określa każ­dorazowo lekarz w zależności od – przypuszczalnego czasu trwania choroby, nasilenia objawów, ewentualnych powikłań oraz wyników badania makroskopowego czy posiewów.